O microscópio especular é um exame complementar muito importante que nos permite caraterizar o endotélio e determinar a paquimetria corneana. A forma, o tamanho, mas fundamentalmente o nº de células endoteliais / mm² são dados muito importantes que nos permitem avaliar a viabilidade de uma córnea antes de um procedimento refrativo com lente intra-ocular fáquica, no caso de uma cirurgia de catarata ou mesmo de cristalino transparente.

Através da caraterização morfológica do endotélio é possível ainda efetuar-se o diagnóstico da Distrofia de Fuchs e avaliar a evolução da perda endotelial, dado fundamental para o seguimento de qualquer cirurgia  do segmento anterior.